Обычно фанкойлы монтируют группами, с распределением по этажам или же помещениям. Вода должна быть распределена по все системе, используя балансировочные клапаны. Фанкойлы, характеризующиеся малой и средней мощностями и имеющие равное гидравлическое сопротивление, монтируются таким образом, чтобы длина подводящего и длина отводящего трубопроводов в сумме была одинаковой. Тогда не потребуется выполнять настройку гидравлических контуров.
При различном гидравлическом сопротивлении фанкойлы подключаются параллельно, с использованием меньшей длины труб. При данной схеме разводки блоков используются дополнительные клапаны, выравнивающие гидравлическое сопротивление. Настройка такой системы производится более тщательно, а соответственно более трудоемко и длительно.
Корпусные фанкойлы обычно устанавливают по периметру помещения, монтируя четырехтрубные фанкойлы под окнами для компенсации потери тепла через стекло. Для отдельносмонтированного модуля предусматривают отвод конденсата, розетку для электросети, подключение к гидросистеме. Установленные фанкойлы оснащены запорной арматурой для демонтажа блока в случае ремонта, без отключения всей гидравлической системы.
Бескорпусные фанкойлы устанавливают в подвесном потолке. При установке учитывают длину воздуховодов (должны иметь минимальную длину), легкодоступность блока для проведения техобслуживания, блок оснащают виброизоляцией для уменьшения шума. При монтаже вентиляции, такой как группы фанкойлов применяются балансировочные клапаны, обеспечивающие равномерное распределение жидкости по блокам.
При монтаже жесткого стального воздуховода к фанкойлу в месте соединения устанавливают антивибрационный глушитель. Соединение с круглым гибким воздуховодом обходится без виброизоляции. Для исключения появления конденсата на холодных участках труб трубопровод оснащают теплоизоляцией или изоляционными прокладками.
